Tot ús de recursos, siguin o no renovables, comporta l'eliminació de residus. El problema ambiental que generen els residus es engloban sota la denominació de contaminació.
D'origen urbà. Les aigües residuals dels habitatges i serveis de les ciutats contenen residus fecals, restes d'aliments i diversos productes químics com detergents, lleixius, etc, altament contaminables.
D'origen industrial. Els processos industrials generen residus contaminables de diversos tipus. Així, el mercuri i altres metalls pesants, substàncies orgàniques, com els olis i greixos, àcids i altres substàncies químiques canvien el pH de l'aigua.
D'origen agrícola. Causa de l'ús de fertilitzants i plaguicides que són arrossegats per les aigües de pluja o de reg cap als rius o les aigües subterrànies. O per l'acumulació d'excrements animals que es produeix en les explotacions ramaderes.
Impacte en la quantitat d'aigua.
El control mundial d'aigua dolça es va multiplicar per sent al llarg del segle XX, gairebé el doble de l'augment de la població mundial en el mateix període. Per fer front a aquesta situació s'ha recorregut tant a les aigües superficials com a les subterrànies i les dues han acusat aquest increment de consum. Així, en molts llocs del planeta s'ha generat una situació que es coneix com a estrès hídric, en què la demanda és més gran que la disponibilitat d'aigua amb qualitat requerida.